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采血卡干血斑法對不穩(wěn)定樣品的保存與一般的樣品處理法方相比具有一定優(yōu)勢。大多數的干血斑樣品可以在室溫條件下保存，但是對于不穩(wěn)定的分析物，低溫可以延長保存時間。如?；鈮A在干血斑在儲存在室溫條件超過2周會出現因為水解作用而不穩(wěn)定的情況，但是儲存在-18℃條件下可至少在330d內保持穩(wěn)定。
如果不進行分析無德穩(wěn)定性試驗（覆蓋樣品采集到分析過程），僅僅開展樣品的重復分析測定不能評價分析物的穩(wěn)定性。一般而言，分析物在DNA采血卡干血斑上的穩(wěn)定性需要考察一種或幾種儲存條件（-60℃、-15℃、2～8℃、18～22℃）。
（1）比較不同儲存周期的QC樣品（低、中、高3個濃度，一式3份）的測量值與標示值的差異；
（2）比較真實樣品第一次測量值與經過不同儲存周期后的測量值。前者稱為QC樣品穩(wěn)定性，后者稱為真實樣品穩(wěn)定性。QC樣品穩(wěn)定性的差異應不超過標示值的±15%。對于真實樣品的穩(wěn)定性，每一種儲存條件至少選擇20個樣品進行重復分析，不選擇低于定量下限或者小于3倍定量下限濃度的樣品。重復測定的結果與兩次測定的平均值的比值應在80%-120%，并且至少283的樣品 符合上述標準。真實樣品穩(wěn)定性的結果不僅闡明了目標化合物（包括氨基或酯化的化合物）的穩(wěn)定性情況，還揭示了可能由水解或降解導致的轉化。任何明顯的濃度下降意味著目標化合物的濃度顯著增加可能由代謝物轉化或者共軛分子水解引起。
另外，有必要將QC樣品放置在高溫條件下（30～40℃、40～50℃或50～70℃）或者凍融3次進行穩(wěn)定性試驗，用來模擬樣品運輸過程的極端條件或者樣品儲存在低溫環(huán)境的情況下。上述 QC樣品的測定要隨行標準曲線和普通QC樣品，一至三份，并且偏差應在標示值和普通的±15%，這樣才能說明干血斑樣品在高溫或者凍融條件下使穩(wěn)定的。
有些化合物易發(fā)生酶降解，這種過程可能發(fā)生在干燥階段或者在點樣之前，但酶抑制劑又不方便在點樣前添加，因此必須對沒有經過任何處理的分析物在全血中2～3h的穩(wěn)定性進行考察，已覆蓋血樣采集和干燥過程。如果試驗結果顯示樣品不穩(wěn)定，那么該化合物不適合干血斑點樣。
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